La Serenissima quindi contattò un geniale ingegnere militare ed architetto di origine Veronese, Michele Sanmicheli (1484-1559): egli aveva prestato la sua opera presso lo Stato Pontificio, a Orvieto, Parma e Pavia: il suo primo incarico fu quello di studiare le fortificazioni di Zara, quindi, una volta rientrato nella Repubblica viene incaricato di “ben examinar li lidi, le bocche delli porti ed ogni altra parte della laguna”: i problemi militati ed idraulici erano infatti convergenti nell’ambito della politica territtoriale della Serenissima.
Ed in questo contesto che nasce una polemica con Alvise Cornaro il quale voleva costruire mura perimetrali tutto intorno alle sponde lagunari: la ragione della sua opposizione era basata su considerazioni sociali: “Il populo è necessitato per vivere de uscir de la tera tuto el dì, et andare alle vigne, chi a pescar, et chi alle saline, che ad alcuna hora del giorno non li riman cinquanta homini”, mentre la difesa deve essere affrontata dagli stessi cittadini: ” che stano de di e de notte in barca, che conoscono tutti li siti che Chioza et le contrade”, ribadisce insomma il concetto che sono le acque della laguna le vere mura di Venezia.
Durante la battaglia di Lepanto le fortificazioni del Lido furono ulteriormente rafforzate a San Nicolò, ed una tra Poveglia e Malamocco.
Negli anni della battaglia di Lepanto vennero costruite a San Nicolò altre due importanti edifici militari: una fabbrica di polvere da sparo, il Tezon (1572) presso il Castel Vecchio, ed il Quartier Grande o Palazzo dei Soldati noto anche come Caserma Serraglio, un vasto edificio di stile neoclassico che poteva ospitare fino a 2000soldati, forse la prima caserma dell’architettura militare.
La praticità legata sempre comunque alla bellezza ed all’arte: questa era la cultura veneziana della gloriosa Serenissima.